海南省婦女兒童醫學中心原名廣東省海南行政區婦幼保健院，創建于 1978 年 10 月。2018年5月，海南省機構編制委員會批準在省婦幼保健院基礎上組建省婦女兒童醫學中心，新組建的海南省婦女兒童醫學中心保留海南省婦幼保健院牌子，加掛海南省婦產科醫院、海南省兒童醫院牌子，奠定了“一中心三院”的發展格局。

目前中心職工總人數1136人，副高及以上專業技術人員 126人，現有兩個院區。長濱路海南省兒童醫院院區于2018年8月實現全面專科化運營，委托復旦大學附屬兒科醫院（國家兒童醫學中心）管理，增名“復旦大學附屬兒科醫院海南分院”，占地54.09畝，業務用房共67492平方米，規劃床位500張，實際開放床位432張；龍昆南路海南省婦幼保健院院區于1993年建成投入使用，占地8.9畝，現有業務用房面積近30000平方米，實際開放床位212張；海南省婦產科醫院院區（海南省婦幼保健異地新建項目）毗鄰海南省兒童醫院院區西側，于2020年12月29日正式開工建設，占地83畝，規劃床位500張。